Sotatoimien aikana Helsingissä kuoli yli 400 henkilöä, mutta tuhoisimmat vaiheet nähtiin vasta varsinaisten taistelujen jälkeen vankileireillä. Punaisia jäi valkoisten vangiksi useita tuhansia. Aluksi heitä sijoitettiin kaupungin kouluihin ja kasarmeille, mutta jo pari päivää Helsingin valtauksen jälkeen vankeja alettiin keskittää Helsingin edustan linnakesaarille. Suurin vankileireistä muodostui Suomenlinnaan, mutta niitä toimi myös Isosaaressa, Katajanokalla ja Santahaminassa. Kaikki leirit toimivat Suomenlinnan vankileirin alaisuudessa.
Helsingin vankileireillä oli kesän ja syksyn 1918 aikana yhteensä noin 20 000 punavankia. Leirien lisäksi vankeja käytettiin syksyyn 1918 asti työvoimana saarilla ja kaupungissa. Vankileireillä henkensä menetti noin 1550 henkilöä, joista suurin osa haudattiin Santahaminan saarelle. Vangeista suurin osa menehtyi tuomiota odottaessaan nälkään ja tauteihin.
Vuosikymmenten kuluessa sisällissodan muistamisen tavat ovat vaihdelleet. Heti sodan jälkeen näkemykset sota-ajan tapahtumista noudattivat voittajien eli valkoisen puolen tulkintaa. Valkoisten muistopaikoille pystytettiin muistomerkkejä sodan voittajille. Punaisten puoli jäi virallisen historiankirjoituksen ja valtiollisen muistamisen ulkopuolelle. Toisen maailmansodan jälkeen tapahtui poliittinen käänne, jonka myötä myös hävinneen osapuolen kokemus nousi arvokkaammaksi. Samalla syntyi uusi sisällissodan muistomerkkien aalto, kun myös punaisten haudoille alettiin pystyttää muistomerkkejä. Muistamisen politiikka on vaikuttanut siihen, millaisia muistomerkkejä eri osapuolille tärkeille paikoille on pystytetty.
