Under striderna dog mer än 400 personer i Helsingfors, men de mest förödande skedena utspelades i fånglägren först efter de egentliga striderna. Tusentals röda blev de vitas fångar. Till en början placerades de i stadens skolor och kaserner, men redan några dagar efter intagningen av Helsingfors började man föra fångarna till befästa öar utanför Helsingfors. Det största av fånglägren fanns på Sveaborg, men det fanns också läger på Stora-Mjölö, Skatudden och Sandhamn. De var alla underställda fånglägret på Sveaborg.
Sommaren och hösten 1918 fanns det sammanlagt cirka 20 000 röda fångar i lägren i Helsingfors. Förutom att fångarna hölls i läger användes de ända fram till hösten 1918 som arbetskraft på öarna och i staden. Cirka 1550 personer dog i fånglägren, och merparten av dem begravdes på Sandhamn. Största delen av fångarna avled på grund av svält och sjukdomar i väntan på att bli dömda.
Under de gångna decennierna har finländarnas sätt att hantera sina minnen från inbördeskriget varierat. Strax efter kriget var det de vita segrarnas tolkning av händelserna som var de rådande. På de vitas minnesplatser restes monument över segrarna. Den röda sidan uteslöts från den officiella historieskrivningen och det statliga minnet. Efter andra världskriget ägde en politisk vändning rum, och tack vare den upplevdes också den förlorande sidans erfarenheter som värdefulla. Samtidigt följde nu en ny våg av monument eftersom man började resa minnesmärken också på de dödas gravar. Minnespolitiken har också påverkat hurudana monument som restes på de platser som varit viktiga för parterna i kriget.