En krigsstad igen
Sverige hade byggt sin stormaktsposition på 1600-talet inte bara med hjälp av ett effektivt statsmaskineri, utan även med svärd och makt. Vid sekelskiftet mindes Sveriges rivaler fortfarande Gustav II Adolfs fälttåg. När den endast 15 år gamla och oerfarne Karl XII besteg tronen i ett Sverige som försvagats av hungersnöd såg de gamla fienderna sin chans. Danmark, Tyskland, Polen och Ryssland ingick ett förbund mot Sverige. Stora nordiska kriget började när Polen anföll Svenska Livland i februari 1700. Konflikten gjorde att Helsingfors blev en krigsstad igen.
Precis som under tidigare fälttåg var Helsingfors ett viktigt logistiskt centrum för den svenska armén. Krigsmakten och krigsmateriel transporterades via Helsingfors både landvägen och sjövägen. Folk hämtades från landsbygden för att vakta staden, som låg på en strategiskt viktig plats, och bygga försvarsvallar där. Stadsborna, som hade vant sig vid den långa perioden av fred, tvingades anpassa sig till de förpliktelser som krigstillståndet medförde, till exempel bevakning av staden samt underhåll och inkvartering av soldater.
Framför allt blev de extra skatterna tunga för borgerskapet. På grund av krigets påfrestningar led ungefär en femtedel av köpmännen av allvarliga försörjningssvårigheter. En del klarade ekonomin tack vare spannmåls-, livsmedels- och tjärhandel, men utrikeshandeln försvårades ständigt eftersom arméns behov alltid hade företräde. Å andra sidan var stadens hantverkare rent av översysselsatta under krigsförberedelserna på grund av den mängd förnödenheter som armén behövde.
Ryssarna ryckte 1703 fram till Sveriges områden i Ingermanland och Livland, och 1704 erövrade Peter den stores trupper Narva och avancerade till Estland. De svenska fästningsstäderna i Östersjöområdet kapitulerade den ena efter den andra. År 1708 ödelade den ryska flottan Borgå till också Helsingforsbornas fasa. Förutom soldater började även flyktingar från Tallinn, Nyenskans och Viborg strömma till Helsingfors. Dessutom fanns det landsbygdsbor i staden redan från förut. De hade drivits dit under nödåren 1708–09. Det var inte bara hunger och strider som fick folk att fly till Helsingfors, utan även den svenska armén: unga män från landsbygden sökte anställning som tjänstefolk hos förmögna stadsbor för att undvika utskrivning till armén.
Kriget förde även med sig allmän oreda. På dagarna var gatorna fulla av trängsel och på kvällarna oroliga. Soldaterna som drack på krogarna fick skräna ganska fritt, eftersom officerarna härjade lika berusat. Samtidigt ökade rysskräcken till följd av de historier som flyktingarna från Livland och Ingermanland berättade. Stadens ledare väntade oroligt på vad som komma skulle. Landshövding Johan Creuz konstaterade att staden inte hade möjligheter att avvärja en attack från en yrkesarmé. Helsingfors hade ingen fästning som skydd, murarna var i dåligt skick och borgargardet skulle inte ha kunnat försvara staden – alla i gardet hade inte ens de föreskrivna vapnen.
Epidemier började snart sprida sig i den fullproppade staden, och myndigheterna kunde inte bekämpa dem. Hösten 1710 kom den mest skrämmande farsoten, böldpest, till Helsingfors med flyktingarna och dödade nästan 1 200 personer, varav mer än hälften var invånare i staden. När det var som värst hittade man 20–30 döda om dagen. De som var friska vågade inte röra vid de döda av rädsla för smitta, vilket innebar att kropparna kunde bli liggande på gator och gårdar i dagar innan de begravdes. Att Kampens begravningsplats, senare Gamla Kyrkoparken, har fått det inofficiella namnet ”Pestparken” minner om pestepidemin, även om de avlidnas sista viloplats torde ha legat på en något annan plats än den nuvarande parken.
Brända jordens taktik
Sveriges nederlag i slaget vid Poltava 1709 beseglade krigsförloppet också på finskt håll. I början av hösten 1712 seglade ryssarna till inloppet till Helsingfors och öppnade kanoneld. Staden var oskyddad och hade förlorat en tredjedel av sina invånare i pesten. I den panik som uppstod flydde framför allt en del av de förmögnare invånarna från staden. En svensk flottavdelning, som av en slump hade seglat till Helsingfors för påfyllning, skrämde dock i väg ryssarna ett tag.
På vintern frös havet till och krigshandlingarna avtog, men den 8 maj 1713 anföll ryssarna igen med en styrka på 17 000 man och steg i land på Skatudden. Själve Peter den store hade också anlänt med flottan. Helsingfors försvarare riskerade att bli inringade i staden och krossas av den kanoneld som sköts från de höga klipporna på Skatudden. Sverige hade endast 1 500 män att möta ryssarna med i Helsingfors, och överbefälhavare Carl Gustaf Armfelt konstaterade att striden var hopplös. Man beslöt att använda sig av brända jordens taktik och förstöra Helsingfors, för att inte lämna något krigsbyte eller någon möjlighet till underhåll för ockupanterna.
Den 11 maj 1713 sattes trähusen i Estnäs och ett spannmålsmagasin på Skatudden i brand och de svenska trupperna retirerade norrut. Samma dag steg tsar Peter i land och konstaterade att den förstörda staden inte kunde bli någon lednings- och underhållscentral, som han hade planerat. Därför gav han order om att också de återstående byggnaderna skulle förstöras.
Förstörelsen var nästan total. De enda byggnaderna som återstod efter branden var stadens enda stenhus, som ägdes av Torsten Burgman, och en klockstapel som stod på en hög kulle. En del hus kunde senare sättas i beboeligt skick igen. En enorm mängd spannmål och största delen av stadsbornas egendom förstördes i branden. Stadsborna flydde än hit, än dit, de förmögnaste ända till Sverige. I Stockholm bildades även en koloni av flyktingar från Helsingfors.
Ryssarna byggde en fästning, som uppenbarligen var avsedd att vara tillfällig, i Helsingfors, men staden hade liten betydelse under resten av kriget. Den ryska tiden i Helsingfors slutade med freden i Nystad i augusti 1721, och de första Helsingforsborna återvände till sin hemstad redan på hösten. År 1722 kan ses som ett slags startskott för återuppbyggnadstiden. Då anlände den nya borgmästaren Abraham Wetter med en kunglig fullmakt för att leda staden.